Lise dedektifi Hajime Kindaichi, eski bir sınıf arkadaşından varlığını talep eden üzücü bir yazışma aldıktan sonra, mektubun arkasındaki acıyı araştırmak için Alacakaranlık Adası'na gider. Bu arada, kaderin yapacağı gibi, Conan Edogawa, güneyde önde gelen bir turizm beldesi olarak hizmet veren bir adada Profesör Agasa tarafından modern bir halk masalıyla tanıştı, sakinler aniden açıklama yapmadan dönmeden önce uzun süre gizemli bir şekilde ortadan kayboldular. Dahası: Kaybolduklarında, aynı adanın alternatif bir versiyonuna taşınırlar. İlgisini çeken Conan, arkadaşları Alacakaranlık Adası olarak bilinen turist tuzağında tatile çıkarken davayı araştırmaya razı olur. Gizem derinleştikçe ve iki vakasının ilk bakışta göründüğünden daha fazla ilişkili olduğu ortaya çıktıkça, her iki genç dedektifin de eşsiz akıl yürütme güçlerini gerektiren büyük bir vaka ortaya çıkıyor.