Zgodba govori o Aleksu Shepherdu, mladeniču, ki se vrne v rodno mesto Shepherd ' s Glen po domnevni vojaški razrešnici in času, ki ga je preživel v bolnišnici zaradi poškodb, povezanih z bojem. Aleks se vrne domov in ugotovi, da sta njegov oče in mlajši brat Joshua izginila brez sledu, kot tudi mnogi drugi po vsem mestu. Svojo mamo najde v depresivnem, skoraj katatoničnem stanju. Aleks išče po mestu svojega pogrešanega brata, medtem ko odkriva vzroke za čudne dogodke in temne skrivnosti sosednjega mesta Silent Hill.

Silent Hill: Homecoming je šesti obrok v seriji grozljivk preživetja Silent Hill. Igra je enaka kot v prejšnjih vnosih, kjer igralec išče predmete in uporablja orožje za obrambo pred grotesknimi pošasti, medtem ko rešuje uganke, da napreduje naprej v igro. V boju je igralec sposoben izvajati lahke in težke napade ali jih mešati, da izvede kombinacije. Prvič v seriji lahko igralec izbere odgovore, ko se pogovarja z drugimi liki, ki jih sreča v igri, kar lahko vpliva na to, kako igralec vidi zgodbo.