Prototype

Игра рассказывает об Александре Дж. Мерсере (озвучивает Барри Пеппер), который просыпается в морге в подвале Gentek, компании по генной инженерии, базирующейся на Манхэттене, отправляя пару ученых, которые как раз собирались провести вскрытие, бежать. Алекс сбегает и становится свидетелем того, как военные оперативники расстреливают ученых. Алекс обнаружен и подвергся нападению. Он выживает после того, как ему в грудь стреляют, и перепрыгивает через стену в безопасное место. Вскоре он обнаруживает, что теперь обладает мощными способностями к изменению облика, сверхчеловеческой силой, скоростью, ловкостью, долговечностью, чувствами, выносливостью, оружием и способностью "поглощать" людей, чтобы получить их воспоминания, навыки и внешность. Не имея никаких воспоминаний о своей предыдущей жизни, Алекс решает найти и уничтожить тех, кто связан с заговором, чтобы раскрыть правду. Во время своих поисков Алекс сталкивается с двумя группировками: Корпусом морской пехоты Соединенных Штатов и Blackwatch, подразделением спецназа Форт-Детрика, занимающимся борьбой с биологическим оружием; и Зараженными монстрами, созданными вирусом, известным как BLACKLIGHT, который наводняет Манхэттен. Капитан Роберт Кросс (озвучивает Джеффри Пирс), офицер Черной стражи, получает приказ найти и задержать Алекса. Алекс вступает в контакт со своей сестрой Даной (озвучивает Лейк Белл), которая помогает ему выслеживать цели, что приводит к проникновению в штаб-квартиру Gentek. Он находит молодую женщину по имени Элизабет Грин, содержащуюся в здании. Грин является ведущей BLACKLIGHT и после своего побега обрушивает его на Манхэттен. Дана направляет Алекса к Карен Паркер, его бывшей девушке. Она соглашается помочь ему остановить вирус, требуя при этом, чтобы Алекс вернул образцы вируса. Позже Карен заводит Алекса в ловушку, где он сталкивается с Кроссом. Во время их битвы Алекс почти победил Кросса, когда Кросс упомянул "Пенсильванский вокзал", вызвав воспоминание, которое ошеломило Алекса. Алексу вводят паразита, который угрожает убить его. Алекс обращается за помощью к доктору Рэгланду, патологоанатому, связанному с Gentek. Рэгленд помогает Алексу удалить паразита и превратить его в оружие против Грина. Однако на Грин это никак не влияет, поскольку ее организм немедленно отторг паразита, и отторгнутая биомасса образует чудовищное существо, Верховного Охотника, которого Алекс убивает. Происхождение вируса и Элизабет Грин раскрывается благодаря контакту: в 1969 году правительство испытало предшественника вируса в Хоупе, штат Айдахо, предназначенного для воздействия на определенные расы. Вирус мутировал во что-то гораздо более смертоносное, и все население было заражено. Элизабет Грин была единственной выжившей; аномалия в биологии ее организма приняла вирус, переписав ее генетический код вместе с генетическим кодом ее нерожденного сына под кодовым названием ПАРИЯ. Оставшееся население Хоупа, штат Айдахо, было ликвидировано Blackwatch. Грин и ПАРИЯ содержались в неволе для дальнейших исследований. Алекс узнает о своем собственном прошлом: Blackwatch закрыла проект Gentek из-за утечек и приказала устранить весь персонал проекта. Алекс Мерсер взял образец BLACKLIGHT в качестве "страховки". В конце концов "Блэкуотч" задержал его на Пенсильванском вокзале. Алекс в последнем акте отчаяния и мести разбивает флакон, содержащий БЛЭКЛАЙТ, высвобождая вирус, прежде чем его застрелят. Вирус проник в кровоток Мерсера через пулевые отверстия и восстановил его организм на клеточном уровне. Контактер и Алекс закачивают новый биологический агент "BLOODTOX" под землю, чтобы вывести вирус на поверхность, где с ним можно бороться напрямую, в результате чего появляется Грин, заключенный в возвышающееся чудовище. Грин падает с монстра в человеческом обличье, как только терпит поражение, и ее поглощает Алекс. Из ее воспоминаний становится очевидным, что генерал Рэндалл, глава Blackwatch, готов уничтожить Манхэттен с помощью ядерного оружия. Контакт, как выяснилось, был перекрестным. Алекс с помощью капитанов проникает на корабль ВМС США "Рональд Рейган", чтобы остановить Рэндалла. Как только Алекс поглощает Рэндалла, выясняется, что Кросс - Верховный Охотник, который принял личность Кросса после того, как поглотил его, и нападает на Алекса, утверждая, что когда Blackwatch покинет Нью-Йорк, они больше не будут искать зараженных, и что после того, как он поглотит Алекса, он будет достаточно силен, чтобы пережить ядерный взрыв. Алекс побеждает Верховного Охотника и вывозит оружие в Атлантический океан на вертолете, где оно детонирует и застает его во время взрыва. Его останки плывут обратно в город и регенерируют после того, как съедят ворону. Во время титров выясняется, что общественность считает, что военные были теми, кто остановил инфекцию; слышно, как сенатор США говорит средствам массовой информации, что события на Манхэттене были случаем ядерного и биологического терроризма, и обещает возмездие ответственным. Алекс, размышляя о произошедших событиях и правде, которую он открыл о себе, утверждает, что он "стал чем-то меньшим, чем человек, но и чем-то большим". После титров показано, что Манхэттен медленно восстанавливается, вирус почти полностью уничтожен. Алекс, стоя на крыше здания агентства Рейтер на Таймс-сквер, комментирует, что его работа почти завершена.