Вы - Майкл Бекет, оператор Delta Force, которого отправили с заданием арестовать президента Armacham Женевьеву Аристид примерно за 30 минут до окончания первой игры. Сюжет учитывает только оригинальную игру и игнорирует все события из дополнений Extraction Point и Perseus Mandate.

F.E.A.R. 2: Project Origin является продолжением F.E.A.R. и продолжает фирменную смесь сверхъестественного ужаса и саспенса в сериале. Многие механики из оригинального шутера от первого лица проникли в игру, такие как замедленная съемка bullet time и интеллектуальный искусственный интеллект. Также были введены новые элементы геймплея, такие как захват и перетаскивание подвижной крышки, боевые мехи и прицеливание с помощью железного прицела. Окружение теперь более открытое и менее линейное, чем в первой игре, а также более разнообразное.