Действие игры начинается в Северной Америке в 1929 году и включает в себя двух новых главных героев: 16-летнего жителя Нью-Йорка по имени Джонни Гарланд и 21-летнюю коренную американку по имени Шанайя, которая обладает способностями слияния, подобными Юри и Курандо в предыдущих сериях Shadow Hearts, хотя она не гармонист. Она заключает договоры с духами, в то время как Юрий и Курандо превратились в демонов. История начинается с того, что Джонни, частный детектив, был нанят человеком по имени Гилберт, чтобы найти некоего Марлоу Брауна. Однако, когда Джонни находит этого человека, открывается таинственное "окно", и из него появляется чудовище. Остальная часть игры следует за Джонни, Шанайей и компанией, которые пытаются раскрыть правду о Гилберте и его планах. Тем временем в Бруклине полиция преследовала разыскиваемого преступника, который был тяжело ранен. Он встретил таинственную женщину, которая спасла его, с легкостью расправившись с преследователями. Затем она исцелила его раны "Поцелуем злобы". Никто не знает, каковы ее намерения или мотивы, и она не произнесла ни единого слова. Мужчина, который назвался "Убийцей", назвал ее "Леди" и после этого следовал за ней, куда бы она ни пошла. Позже Шанайя объединяется с Джонни в сопровождении своего опекуна Натана, чтобы расследовать странное происшествие, свидетелем которого стал Джонни. Прибыв в Университет Аркхэм, они встречают Гилберта, который раскрывает свои истинные намерения открыть Врата и обрушить Злобу на мир. Позже Гилберт объединяется с Леди и Убийцей, чтобы достичь своей цели. Джонни продолжает свое преследование, чтобы остановить Гилберта, и по пути встречает новых союзников. Среди них: Фрэнк; чокнутый ниндзя Рикардо; гитарист-одиночка Мастер Мао; кошка, специализирующаяся на "Пьяном кулаке" и Хильдегард Валентайн; сестра братьев-вампиров Иоахима и Кита Валентайнов из серии "Сердца теней". Вместе Джонни и его друзья путешествуют по всему миру, чтобы остановить коварные планы Гилберта, Леди и убийцы. По пути Джонни узнает шокирующую правду - что он был воскрешен с помощью эмигрантской рукописи и что эта дама на самом деле была его сестрой, Грейс Гарланд. Их отец оживил их после того, как потерял в результате несчастного случая. В конце концов он был убит Грейс, поскольку она передала всю свою волю Джонни в обмен на его злобу. Это объясняет, почему Леди не говорит; у нее нет воспоминаний, и она действует только инстинктивно, руководствуясь Злобой в своем теле. Эпическая битва с Убийцей, в конце концов побежденным, открывает способности Джонни "Пробуждателя", и Леди впервые произносит имя Убийцы. Ритуал, вызывающий открытие Врат Злобы, продолжается, и Джонни полон решимости остановить свою сестру. Команда сражается с Гилбертом, движимым Злобой, в последний раз перед финальной схваткой с Леди. Леди, наконец, упокоена, Джонни наносит последний удар, и она исчезает вместе с телом Убийцы. Несколько месяцев спустя Джонни получает дело от своего детективного агентства и приступает к расследованию. Есть два разных конца: Хороший и плохой. В хорошем финале Шанайя выходит вслед за Джонни из агентства. В Плохом финале Шанайя наблюдает за происходящим из здания с красными глазами; свидетельство того, что она была поглощена Злобой. Хорошего финала можно добиться, максимально используя все фетиши Шанайи, включая те, что предназначены для дополнительного слияния.

Shadow Hearts: From the New World - третья официальная игра из серии Shadow Hearts. Действие серии игр разворачивается в Европе и сосредоточено на "Новом свете", Северной и Южной Америке. Это не имеет прямого отношения к предыдущим играм серии, но происходит в той же вселенной. Задача главных героев состоит в том, чтобы исследовать таинственные "окна", из которых выскакивают злобные монстры. Игровой процесс повторяет действия своих предшественников, используя Судейское кольцо для решения большинства исходов сражений, а также многих других действий на протяжении всей игры. Для этой игры была создана новая система "Stock", которая расширяет систему комбинированных атак между членами партии из Shadow Hearts - Covenant и позволяет проводить двойные атаки. Система "Запаса" работает путем пополнения запаса персонажа, когда он / она выполняет или получает атаку. Может храниться не более двух запасных калибров. Затем запасы могут быть использованы многими способами. Например, выполнение двойной атаки (персонаж выполняет два действия за один ход) или запуск комбо потребляет один запас. С другой стороны, двойная комбинация потребляет два запаса. Система кольца суда, по сути, остается такой же, как и в Shadow Hearts: Covenant, с возможностью настройки кольца и добавленными элементами эффекта кольца, которые по-прежнему доступны. Магия возвращается в виде звездных карт, где персонажи наносят Звездные знаки на карту. Карты основаны на созвездиях двенадцати знаков Зодиака. Найдя и поместив все Стеллары в таблицы, игрок получает в награду Звездный крест Расплава, самую сильную неэлементарную магию в игре. Fusion тоже вернулся в игру, хотя и совсем по-другому. В отличие от Юрия, Шанайя не обладает силой Гармониста, благодаря которой она способна превращаться в разных демонов. Она заключает духовные договоры с различными Духами-хранителями и использует их силу для трансформации. Шанайя способна принимать только четыре формы, но, приобретая фетиши - статуи разных животных, она может изучать различные техники, приводя их в действие. В этой игре больше внимания уделяется фотографированию. Джонни может не только получать данные о врагах, фотографируя их, но и обменивать полученные карточки snap на призы. Джонни также может использовать силу Злобы для трансформации, хотя эта способность появляется довольно поздно в игре.