Mystical Ninja Starring Goemon

История рассказывает о борьбе Гоэмона за то, чтобы помешать банде сегунов Персиковой горы превратить Японию в вестернизированный театр изобразительных искусств. Сюжет предполагает наличие трех кинематографических музыкальных элементов и сражений между гигантскими роботами; как и в других играх Ganbare Goemon, она приправлена сюрреалистическим юмором и анахронизмами. Главный герой "Мистического ниндзя" - Гоэмон, вспыльчивый ниндзя, владеющий кисеру, с голубыми густыми волосами, основанный на легендарном воре Исикаве Гоэмоне. Лорд Оэдо просит его найти тех, кто искалечил замок Оэдо. Гоэмон живет в городе Оэдо и дружит с Эбисумару, странным, прожорливым толстяком, который носит синюю бандану. Эбисумару определяется как ленивый и извращенный. Их друг, бросающий кунаи, Саске - механический ниндзя (созданный Мудрецом из Ига), который любит горячие ванны и японский чай. Завершает список героев Яэ, свирепая куноичи, владеющая мечом, которая случайно сталкивается с бандой Гоэмона в городе Дзадзэн. Злодеи игры происходят из организации Peach Mountain Shoguns и включают в себя банду из четырех "чудаков" во главе с танцующим Весенним Бризом (Даншин Харукадзе) и Китти Лили (Маргарет Ранко). Они намерены превратить Японию в сцену для своих талантов.