Вскоре после ее второго приключения, "В зазеркалье", дом Алисы сгорает дотла в результате случайного пожара, в результате которого погибает ее семья и она остается единственной выжившей. С течением времени Алиса теряет связь с реальностью. Она помещена в психиатрическую больницу Ратледж, где за ней наблюдает и лечит доктор Хиронимус Уилсон. Единственное, что есть у Алисы в Ратледже, - это плюшевый кролик. Через десять лет после того, как Элис была отдана Ратлиджу, она обнаруживает, что ее снова засасывает в Страну чудес, которая была искажена ее собственным сломленным разумом. Белый кролик призывает Алису помочь радикально изменившейся Стране чудес, которая стала искаженной версией самой себя, поскольку попала под ужасное правление Королевы Червей. Чеширский кот служит компаньоном Алисы на протяжении всей игры, часто появляясь, чтобы направлять ее загадочными комментариями.