Когда девушка в деревне заболевает после вечеринки по случаю дня рождения, Герою приходится ехать в город за лекарством. А затем, событие за событием, отправляется на поиски, которые раскроют историю этой деревни в лесу, ее жителей, окружающего их мира. В начале игры игрок должен создать Героя, выбрав мужчину или женщину одной из четырех рас вселенной Crystal Chronicles: быстрых селки, которые могут совершать двойные прыжки и являются эффективными лучниками, знающих Юкес и обладающих более высокой магической силой, сильных Лилти для рукопашных схваток, и опытные клаваты, которые могут делать всего понемногу. Сама игра состоит из приключений в подземельях, сражений с различными врагами и боссами с использованием атак ближнего или дальнего боя и различных заклинаний, а также выполнения некоторых головоломок. При этом игрок может нанять до трех настраиваемых телохранителей для сопровождения главного героя. Вы можете взять под контроль любого из этих персонажей в любой момент игры. Можно создать больше телохранителей, которых можно включать и выключать из группы. В главном городе также есть магазин квестов, куда может войти только один персонаж и выполнить различные задания, чтобы получить деньги и редкие материалы для создания нового снаряжения.

Final Fantasy Crystal Chronicles: Echoes of Time - это продолжение серии Final Fantasy Crystal Chronicles. Это первая игра Final Fantasy Crystal Chronicles, которая позволяет игрокам играть вместе онлайн, и она позволяет игрокам, владеющим Nintendo Wii или Nintendo DS, играть вместе одновременно, используя движок Pollux Engine, созданный Square Enix.