Капитан Олимар, человек с богатым словарным запасом и единственный достойный сотрудник, работающий в Hocotate Freight. После всей тяжелой работы, через которую ему пришлось пройти, Олимар решает отправиться в межзвездный отпуск на своем личном корабле "Дельфин". Он переводит корабль в режим автопилота. Не имея в виду никакого реального места, Олимар расслабляется в комфорте своего корабля. Внезапно метеорит врезается в корабль Олимара, и он теряет сознание. Тем временем 30 частей его корабля устремляются к, казалось бы, неоткрытой планете. Олимар просыпается и обнаруживает, что его любимый корабль лежит в руинах! Он должен найти все 30 (или 25) частей корабля с помощью своих новообретенных друзей, Пикминов, чтобы вернуться на свою родную планету.

Pikmin - это совершенно новый игровой процесс от Nintendo. Необычное название "Жизнь под микроскопом" предлагает уникальный опыт, подобного которому не было ни у кого до него, благодаря сочетанию стратегии в реальном времени, приключений и элементов головоломки. Используя графические возможности GameCube, Pikmin демонстрирует сочные текстуры, которые оживляют микроскопический фантастический мир. Игроки управляют капитаном Олимаром, милым маленьким астронавтом, который совершил аварийную посадку на планете, населенной еще более милыми маленькими растительными существами, известными как Пикмин. Олимар может командовать этими существами в стиле RTS, назначать им задания, заставлять их атаковать врагов и собирать ресурсы. Конечная задача состоит в том, чтобы перестроить космический корабль Олимара до истечения 30-дневного срока.