Отдаленное будущее… Захватчики из другого мира нападают без предупреждения, высвобождая новый тип угрозы: оружие, известное как “машинные формы жизни”. Перед лицом этой непреодолимой угрозы человечество изгнано с Земли и находит убежище на Луне. Совет человечества организует сопротивление солдат-андроидов в попытке вернуть свою планету. Чтобы выйти из тупика, Сопротивление развертывает новое подразделение андроидной пехоты: Йорха. В заброшенной пустоши внизу продолжается война между машинами и андроидами. Война, которая вскоре раскроет давно забытую правду об этом мире...

NieR: Automata рассказывает историю андроидов 2B, 9S и A2 и их битвы за возвращение управляемой машинами антиутопии, наводненной мощными машинами.