În anul 2099, Miguel O ' Hara, Omul Păianjen al epocii sale, investighează omul de știință Alchemax Walker Sloan și descoperă un complot periculos: Sloan intenționează să călătorească înapoi în timp pentru a fonda puternica corporație cu zeci de ani înainte de adevărata sa origine, reconstruind istoria după propria sa imagine. O ' Hara nu reușește să-l oprească pe Sloan să pășească prin poarta sa de timp și este prins pentru scurt timp între dimensiuni, unde este martor la o viziune înfricoșătoare a predecesorului său, Peter Parker, ucis de un atacator necunoscut. Revenind la o versiune drastic modificată a anului 2099, O ' Hara folosește ADN-ul arhivat pentru a crea o legătură mentală de-a lungul timpului cu Parker, care lucrează în trecut, pentru a-l avertiza de moartea sa iminentă. Pe măsură ce cei doi Spider-Men sunt atrași împreună, descoperă că fiecare acțiune dintr-o epocă se ondulează acum direct în cealaltă.

Spider-Man: Edge Of Time este o continuare a Shattered Dimensions și, în mod similar, are mai mult de un Spider-Man are un rol principal. Aici, este obișnuitul, clasicul "uimitor" Spider-Man și Spider-Man 2099 – într-o poveste plină de călătorii în timp, bătălii temporale și Anti-Venom. Spina vertebrală a acestei povești pare să se joace mai mult ca o poveste Spider-Man 2099, deoarece el este singurul personaj cu adevărat conștient de evenimentele din joc și de schimbările pe care le întâlnesc ambii Spider-Men. De la deschidere, lucrurile sunt sumbre pentru Amazing Spider-Man care începe jocul aproape mort, iar 2099 este singurul care poate ajuta. Un nou personaj negativ Walker Sloan intră în imagine cu un plan de a reconstrui trecutul (din anul 2099) în imaginea și designul său, care se transformă în a afecta atât Spider-Men. Din acest moment, haosul se desfășoară în mod tipic de benzi desenate, cu un joc împărțit în mod egal între Amazing Spider-Man și Spider-Man 2099, cu fiecare alt nivel împletit cu evenimentele de la un Spidey la altul.