Historien fokuserer På Zero, en kvinne som kan manipulere magi gjennom sang. I samarbeid med en drage ved navn Mikhail, satte Zero seg for å drepe sine fem søstre, som styrer verdens regioner. Mens hun reiser, oppdager spilleren den sanne årsaken bak Zero ' s rampage.

Drakengard 3 transporterer spillere til en middelalderverden der seks gudinne-lignende søstre kjent som "Intoners" har brakt fred til jorden med sin makt til å manipulere magi gjennom sang. Harmonien forstyrres imidlertid når den eldste søsteren, Zero, prøver å myrde sine yngre søstre ved hjelp av sin dragekammerat, Mikhail. Etter hvert som historien utvikler seg, spillerne befinner seg i en kamp for å løse Mysteriet Med Zero og lære hennes sanne intensjoner. En prequel til den opprinnelige Drakengard, Drakengard 3 har seriens signaturmerke av handling, pitting spillere mot horder av fiender og fiender i ubarmhjertig hack-and-slash bakkekamp, og deretter sende dem svevende for pitched luftkamper på baksiden av dragen Mikhail.