Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus

Permainan dimulai dengan pertarungan dengan Klan Kaki dan Hun di gedung pencakar langit Oroku Saki. Kakinya dikalahkan, dan Master Splinter menghilang secara misterius. Turtles mengejar jejak ke sebuah bangunan bertanda "T. C. R. I.", yang terbukti menyembunyikan rahasia aneh di balik bagian luarnya yang tidak berbahaya: karyawannya adalah anggota ras alien mirip otak, Utroms. Saat melawan musuh baru yang aneh ini, Turtles secara tidak sengaja diteleportasi ke berbagai titik di seluruh galaksi, bertemu dengan Profesor Fugitoid Honeycutt di D'hoonib, dan berakhir sebagai baku tembak dalam perang antara Triceratons dan Federation-kedua belah pihak mengejar Fugitoid untuk teknologinya. Sepanjang jalan, mereka bertemu dengan pemburu hadiah antargalaksi bernama Slashuur. Dikatakan sebagai pemburu hadiah paling kuat di alam semesta, Honeycutt mendengar legenda tentang dirinya saat masih kecil. Ironisnya, Honeycutt adalah yang dikejar Slashuur, setelah disewa oleh Triceratons untuk menangkapnya. Setelah Turtles mengalahkannya, Slashuur mengungkapkan bahwa dia memiliki pengetahuan tentang Hamato Yoshi sebelum pergi. Sebelum melarikan diri dari Dunia Asal Triceraton, Turtles berteman dan membebaskan seorang pejuang Triceraton bangsawan yang dipaksa bertarung sebagai gladiator, Traximus. Sekembalinya ke Bumi dan T. C. R. I. bangunan, terungkap bahwa Utroms telah menyelamatkan Serpihan yang terluka dan merawatnya. Utrom menempatkan TMNT dan Splinter dalam mesin realitas virtual untuk menjelaskan asal-usul mereka dengan lebih baik. Ratusan tahun yang lalu, Utrom melakukan perjalanan melintasi galaksi, mengangkut penjahat pembunuh spesies mereka, Ch'rell. Kapal mereka jatuh di Bumi di negara Jepang. Ch'rell melarikan diri, sementara Utrom terpaksa menunggu teknologi Bumi mengejar ketinggalan dengan teknologi mereka sendiri, sehingga mereka dapat kembali ke rumah. Beberapa waktu kemudian, setelah Utrom meminta bantuan beberapa manusia sebagai Ninja Penjaga, Utrom disergap oleh panglima perang lapis baja berat yang dikenal sebagai Shredder. Sementara itu, di dunia nyata, Baxter Stockman menyabotase mesin realitas virtual, dan bahaya di dalamnya menjadi nyata bagi Turtles dan Splinter. Setelah mengalahkan Shredder dan Ninja Kaki Feodalnya, Turtle bertemu dengan Utrom Mortu, yang memberi mereka alat yang memungkinkan mereka kembali ke dunia nyata. Sayangnya, ketika mereka sampai di sana, mereka menemukan Shredder dan The Foot menyerang gedung T. C. R. I. Selama pertarungan mereka, perangkat penghancur organik ditanam, dan Utrom melarikan diri melalui Transmat mereka. Turtles mengalahkan Shredder sebelum dia bisa mengejar mereka, dan terungkap bahwa Shredder ini tidak hanya sama dengan yang mereka lihat di Jepang Feodal, tetapi dia juga adalah Utrom Ch'rell yang jahat! Kura-kura melarikan diri dari gedung sebelum perangkat mati, tetapi Ch'rell tidak seberuntung itu. Kura-kura tersebut kemudian bertemu dengan seekor aligator antropomorfik raksasa di selokan bernama Leatherhead. Setelah perkelahian, Leatherhead menyadari bahwa dia dan Turtles berada di pihak yang sama. Dia menceritakan asalnya sendiri; bahwa dia pernah menjadi bayi buaya, ditemukan oleh seorang Utrom dan diadopsi. Leatherhead bersentuhan dengan beberapa Cairan Retromutagen, dan menjadi seperti sekarang ini, seperti yang dimiliki Turtles. Dia tinggal bersama keluarga Utrom, menganggap mereka sebagai keluarganya. Saat T. C. R. I. bangunan meledak, dia melarikan diri ke selokan dan tinggal di sarang tua Turtles, mencoba membangun Transmatnya sendiri untuk mengikuti Utrom. Sayangnya, terungkap bahwa rekannya dalam upaya ini tidak lain adalah Baxter Stockman, berpura-pura bersekutu dengan Utrom. Baxter, menyadari jig-nya terangkat, melemparkan tangki bahan kimia dan melarikan diri, menyebabkan langit-langit sarang Leatherhead runtuh. Leatherhead mendesak teman-teman barunya untuk melarikan diri saat dia menahan puing-puing yang runtuh. Kura-kura melarikan diri tepat pada waktunya untuk melihat langit-langit runtuh seluruhnya di Leatherhead.