Submerged adalah petualangan eksplorasi yang damai dan bebas pertempuran di masa depan dystopian di mana naiknya air laut telah menenggelamkan dunia, hanya menyisakan gedung-gedung tertinggi di kota yang dulunya besar yang menjorok dari lautan yang tak berujung. Ceritanya mengikuti seorang gadis muda bernama Miku dan adik laki-lakinya yang terluka parah, Taku, yang hanyut ke reruntuhan yang banjir ini setelah melarikan diri dari rumah yang bermasalah. Sendirian dan putus asa untuk menyelamatkan Taku, Miku berlindung di atas menara jam yang menjulang tinggi dan melintasi lanskap kota yang tenggelam dengan perahu bermotor kecil. Pencariannya sederhana namun mendesak: menemukan perbekalan yang dia butuhkan untuk mengobati luka kakaknya. Dipandu hanya oleh akalnya, dia berbaris di antara menara yang setengah terendam, memanjat fasad yang runtuh untuk mencapai peti bantuan yang ditinggalkan selama krisis. Saat dia mengumpulkan potongan-potongan dari apa yang terjadi di tempat ini, Miku mendorong lebih dalam ke dunia misterius yang tergenang air dengan harapan bisa membuat kakaknya tetap hidup.

Submerged adalah gim bebas pertempuran orang ketiga di mana Anda menjelajahi kota banjir misterius dan menemukan keindahan kehancuran di lingkungan luar yang luas. Anda berperan sebagai Miku, seorang gadis muda yang membawa saudara laki-lakinya yang terluka ke kota dengan perahu nelayan kecil mereka. Jelajahi jalan-jalan kota yang banjir dengan perahu, skala bangunan yang tenggelam, dan gunakan teleskop Anda untuk menjelajahi kota untuk persediaan yang dibutuhkan untuk menyelamatkan saudara Anda yang sekarat. Saat Anda menjelajahi kota dengan kecepatan Anda sendiri, Anda menemukan habitat yang berkembang di tempat yang penuh warna ini dan menemukan benda-benda tersembunyi yang menyatukan kisah dunia yang hancur dan keluarga yang hancur.