Lokakuuta 2001 Edward Carnbyn paras ystävä ja kumppani Charles Fiske on löydetty kuolleena Shadow Islandin rannikolta, salaperäiseltä saarelta lähellä Massachusettsin rannikkoa. Carnbyn tutkimukset johtavat hänet nopeasti Frederick Johnsonin luo, joka kertoo hänelle Fisken etsivän kolmea muinaista taulua, joilla on kyky avata uskomaton ja vaarallinen voima. Johnson anelee Carnbya ottamaan Fisken paikan ja avaamaan tutkimukset uudelleen tablettien saamiseksi takaisin. Carnby hyväksyy ja ottaa tehtäväkseen löytää Fisken tappajan. Johnson esittelee Edwardin Aline Cedracille, älykkäälle nuorelle yliopiston professorille. Hän lähtee Edwardin kanssa etsimään kadonneita tabletteja ja auttaa professori Obed Mortonia, jota hän uskoo isäkseen. Lentäessään Varjosaaren rannikon yllä Edwardin ja Alinen kone joutuu tuntemattoman olennon hyökkäyksen kohteeksi. Molemmat hyppäävät koneesta ja laskuvarjolla maahan, mutta heidät erotetaan välittömästi. Edward laskeutuu tiheään metsään aivan kartanon ulkopuolella, kun taas Aline laskeutuu itse kartanon katolle.

Alone in the Dark: The New Nightmare on neljäs osa selviytymiskauhuvideopelisarjassa Alone in the Dark. Pelaaja voi valita kumpi kahdesta päähenkilöstä pelaa. Carnbyn puolella juoni keskittyy lähinnä taistelemaan hirviöitä vastaan fyysisin keinoin, kun taas Alinen puolella keskitytään enemmän pulmanratkaisuun. Kaksikko kohtaa silloin tällöin, ja pääjuonialueet risteävät.