Assassin's Creed: Bloodlines

Pian ensimmäisen pelin päättymisen jälkeen Altaïr Ibn-La ' Ahad saa tietää jäljellä olevien Temppeliherrojen suunnitelmasta paeta Kyprokselle ja soluttautuu siten yhteen heidän linnoituksistaan Acressa estääkseen heitä tekemästä niin. Vaikka hän ei onnistu tässä, hän kukistaa ja vangitsee Maria Thorpen, joka yritti kostaa entisen mestarinsa Robert de Sablén puolesta, joka kuoli Altaïrin käsissä. Altaïr lähtee myös Kyprokselle etsimään omenaa Marian ollessa hinauksessa. Siellä ollessaan hän saa tietää Robert de sablén seuraajan Armand Bouchartin läsnäolosta temppeliritarien ritarikunnan suurmestarina. Altaïr saa myös tietää ja saa apua kaupungissa olevasta vastarintaliikkeestä, joka vastustaa Temppeliherrojen läsnäoloa, jotka ostettuaan saaren kuningas Rikhardilta ovat muodostaneet sortohallituksen hallitsemaan maata ja sen asukkaita. Hän saa myös tietää Temppeliherrojen "arkistosta", Temppeliherrojen tietämyksen ja esineiden joukosta, joka on piilotettu jonnekin saarelle. Uskollisena salamurhaajien tapaan Altaïr pyrkii sekä löytämään arkiston että vapauttamaan Kyproksen Bouchartin otteesta ensin tappamalla hänen alaisensa: Frederick "Punainen"; Molok "härkä"; Shalim ja Shahar "kaksoset" ja pimeä oraakkeli "noita", lopulta kohtaamaan ja kukistamaan bouchartin arkistossa, jonka sisältö on evakuoitu ja siirretty Temppeliherrojen sotilaiden toimesta. Bouchartin kuoleman jälkeen arkisto alkaa romahtaa, mutta Altaïr onnistuu pakenemaan. Pelissä kerrotaan myös Altaïrin ja Marian suhteesta. Aluksi Maria on vihamielinen ja sarkastinen Altaïria kohtaan (omien sanojensa mukaan "mies, joka säästi niskani, mutta pilasi elämäni"), mutta tarinan edetessä hän vähitellen lämpenee salamurhaajalle, joka toistuvista pakoyrityksistään huolimatta pelastaa hänet toistuvasti vahingolta eikä rankaise häntä. Lopulta hän päättää auttaa Altaïria tappamalla vastarinnan Temppeliherrojen myyrän, kun tämä yrittää tappaa Altaïrin ja kohtaa lopputaistelussa bouchartin tämän rinnalla, tässä vaiheessa rakastuttuaan salamurhaajaan. Paettuaan Temppeliherrojen arkistosta kaksikko päättää suunnata itään kohti Intiaa.