Fullmetal Alchemist and the Broken Angel

Το παιχνίδι λαμβάνει χώρα μεταξύ των επεισοδίων 17 και 18 του anime, και ξεκινά με τους αδελφούς Elric (κάπως απρόθυμα συνοδευόμενοι από τον Ταγματάρχη Alex Louis Armstrong) να κατευθύνονται προς την Central City μέσω τρένου. Ενώ ο Εντ γκρινιάζει, ο Αλ παρηγορεί και ο Άρμστρονγκ λυγίζει, το τρένο ξαφνικά δέχεται επίθεση από τρομοκράτες. Η αψιμαχία τελικά τελειώνει με ένα κατεστραμμένο τρένο και τους αδελφούς στην πόλη του νέου Χάισγκαρτ, που ψάχνουν για μια βόλτα στο Σέντραλ. Εκεί, συναντούν ένα κορίτσι που ονομάζεται Αρμόνι και μαθαίνουν περισσότερα για τον καταλύτη του φιλόσοφου, ένα αντικείμενο σχεδόν τόσο ισχυρό όσο η ίδια η Φιλοσοφική Λίθος, αλλά χρησιμοποιείται για να αυξήσει την αποτελεσματικότητα της αλχημείας. Ο καταλύτης του φιλόσοφου φαίνεται να συνδέεται άμεσα με τις τρελές Χίμαιρες που τρέχουν, την αδίστακτη στρατιωτική δύναμη και τη συγκέντρωση αλχημιστών στην πόλη. Οι Έλρικ σύντομα ανακαλύπτουν ότι η απλή αποστολή τους για ένα τρένο μετατρέπεται σε πολύ περισσότερα καθώς μαθαίνουν για τον καταλύτη και τα σκοτεινά Μυστήρια που τον περιβάλλουν.