Der Protagonist Giovanni hat die niedrigste menschliche Punktzahl unter der gesamten Menschheit. Jeden Tag erhält er eine "Sonderbehandlung" für alles, einschließlich seiner Mahlzeiten und Kurse. Darüber hinaus wird er von seinen Klassenkameraden an der Schule unerbittlich gemobbt, sowohl im wirklichen Leben als auch online. Aber eines Tages fängt alles und jeder in der Schule an, Giovanni anzugreifen und versucht, ihn "umzugestalten" und seine menschliche Punktzahl zu erhöhen, indem er ihn "menschlicher" macht. Ein älterer Student, das berühmte exzentrische Genie Campanella, streckt die Hand nach Giovanni aus, und sie steigen in einen fahrerlosen Zug der galaktischen Eisenbahn (und übernehmen ihn). Und so wird Giovanni auf eine Reise mitgerissen, um das "Purpurrote Kreuz des Südens" zu finden, das sich am äußersten Rand des Universums befindet. Auf ihrer Reise werden die Jungs großen Führern der Vergangenheit begegnen und ihnen allen rücksichtslose und zerstörerische "Streiche" spielen. Durch ihre Begegnungen mit der Geschichte, verdrehten Geheimnissen und verschiedenen Schrecken der Welt werden sie sich schließlich dem Ende ihrer eigenen Kindheit stellen müssen. Oh, hast du das gehört? Die Jungs lassen (sinnlos) die Zugpfeife ertönen. Sieht so aus, als wäre es Zeit für den galaktischen Express abzufahren.

Boyhood's End ist ein Abenteuerspiel, das Giovanni, dem Jungen mit der niedrigsten menschlichen Punktzahl im Universum, und Campanella, dem kriminellen Genie, und ihrer Reise auf der galaktischen Eisenbahn in Bezug auf das "Menschliche" und "Unmenschliche" folgt.