Mega Man Zero

Over et århundrede efter Sigmas nederlag i Mega Man serien, blev en ny regering kaldet Neo Arcadia dannet for at opretholde freden. Lederne af Neo Arcadia begyndte at jage Reploider, der uretfærdigt betegnede dem som Mavericks. Nu er det eneste håb for Reploiden en legendarisk Reploid: Den Røde helt, der hedder nul. Da Ciel føler, at Reploiderne blev uretmæssigt anklaget, flygter han fra Neo Arcadia og skaber modstand mod Neo Arcadia. Spillet begynder, da Ciel og en lille gruppe modstandssoldater bliver jaget af pantheoner og Golemer. Nogle af modstandssoldaterne falder bagud, men de kan ikke stoppe deres fremrykning. Forfulgt når Ciel en enorm dør. Passy, hendes Cyber-elf siger: "jeg føler stærk energi, der stammer herfra. Dette må være stedet."Efter det sprænger soldaterne døren, og Ciel, Passy og Milan går ind i lokalet, med nul' s livløse krop midt i rummet, inaktiv i 100 år. Milan forsøger at røre ved det, men han bliver slået tilbage af energy shield, der beskytter nul. Mens de prøver at finde ud af, hvordan man omgår skjoldet, vises pantheoner ved døren. Milan beordrer Ciel til at løbe, og dør, bliver ramt af en af Pantheons. Passy siger til Ciel: "du skal bruge min magt. Du har intet valg."Ciel tænker, mens Pantheons kommer tættere og tættere på, og er trist enig. Passys offer bryder energiskjoldet og bringer nul tilbage til livet. Han hjælper Ciel og lærer, at Mega Man (selvom det faktisk er en kopi) er den, der er ansvarlig for, at innocent Reploids bliver pensioneret.