Příběh sleduje Alexe Shepherda, mladého muže, který se vrací do svého rodného města Shepherd ' S Glen po předpokládaném vojenském propuštění a čase stráveném v nemocnici kvůli zraněním souvisejícím s bojem. Alex se vrací domů, jen aby zjistil, že jeho otec a mladší bratr Joshua beze stopy zmizeli, stejně jako mnoho dalších po celém městě. Najde svou matku v depresivním, téměř katatonickém stavu. Alex hledá ve městě svého pohřešovaného bratra a odhaluje příčiny podivných událostí a temných tajemství sousedního města Silent Hill.

Silent Hill: Homecoming je šestý díl série Silent Hill survival horror. Hra je stejná jako předchozí položky, kde hráč hledá předměty a používá zbraně k obraně proti groteskním příšerám při řešení hádanek, aby postoupil dále do hry. Pokud jde o boj, hráč je schopen provádět lehké a těžké útoky nebo je míchat a provádět kombinace. Poprvé v sérii, hráč si může vybrat odpovědi, když se zapojuje do dialogu s dalšími postavami, se kterými se ve hře setkáváme, což zase může ovlivnit, jak hráč vidí děj odvíjet se.