Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories

Hra začíná ve starověkém Egyptě, kdy se princ Atem plíží z paláce, aby viděl své přátele, Jono a Teana, v areálu soubojů. Zatímco tam jsou, jsou svědky obřadu prováděného mágy, který je tmavší než obřady, které obvykle provádějí. Po obřadu Atem bojuje s jedním z kněží jménem Seto a porazí ho. Když se Atem vrátí do paláce, je rychle poslán do postele Simonem Muranem, jeho učitelem a poradcem. Když Simon odchází, je strážcem informován, že velekněz Heishin napadl palác pomocí podivné magie. Muran hledá Heishina. Když ho Muran najde, Heishin řekne Muranovi, že našel temnou sílu, a poté použije Millennium Rod k výbuchu Murana. Když Heishin najde Atem, hrozí, že zabije egyptského krále a královnu, pokud nepředá hádanku tisíciletí. Muran se objeví za Heishinem a řekne Atemovi, aby rozbil hádanku. Atem poslouchá a Muran utěsní sebe a Atem uvnitř skládačky, aby počkal, až ji někdo znovu sestaví. O pět tisíc let později Yugi Mutou znovu sestaví hádanku. Mluví s Atem v hádance a Atem dává Yugi šest prázdných karet. Nejste si jisti, k čemu jsou, přenáší je do Soubojového turnaje. Poté, co porazí jednoho z duelistů, je jedna z karet naplněna položkou tisíciletí. Uvědomil si, k čemu jsou karty, Yugi dokončí turnaj a naplní všech šest karet předměty tisíciletí. To umožňuje Atemovi vrátit se do své doby. Jednou ve svém volném čase Muran řekne Atemovi o tom, co se stalo od doby, kdy byl zapečetěn. Heishin a mágové převzali kontrolu nad královstvím pomocí Millennium items a že jediný způsob, jak osvobodit království, je získat předměty od mágů, kteří je střeží. Poté, co to předal, Muran zemře. Poté, co dohoní Jono a Teanu, jde do zničeného paláce a prohledá ho. Najde Seta, který mu dá mapu s umístěním mágů a položek tisíciletí, a požádá ho, aby mágy porazil. Poté, co Atem získá všechny položky tisíciletí kromě jednoho, ho Seto vede k Heishinovi, který drží Millennium Rod. Atem porazí Heishina, ale zjistí, že Seto má Millennium Rod, a chtěl pouze použít Atem ke shromáždění předmětů na jednom místě. Atem bojuje se setem o předměty a porazí ho, ale po souboji heishin popadne předměty a použije je k vyvolání DarkNite. V naději, že použije DarkNite ke zničení svých nepřátel, nemá předmět, který by prokázal svou autoritu, a v důsledku toho DarkNite místo toho promění Heishina na kartu. Heishin se nyní změnil na hrací kartu, DarkNite se nyní heishinovi vysmívá, než kartu spálí. Poté, co Atem ukáže, že měl položky tisíciletí, DarkNite ho vyzve k souboji. Atem ho porazí a on se promění v Nitemare, který znovu vyzve Atem. Atem ho znovu porazí a Nitemare se neochotně vrací odkud přišel. Atem je pak schopen převzít trůn a vést svůj lid v míru.