Přenosná operace se odehrává v roce 1970, šest let po Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Sleduje vojáka Naked Snake (David Hayter/Akio Ōtsuka), který je nucen odrazit svou bývalou jednotku FOX poté, co podnítí vzpouru na jihoamerické základně. Ve svém boji se setká Roy Campbell (David Agranov/Toshio Furukawa), přeživší člen týmu Zelených baretů, který byl vyslán vyšetřovat aféru. Snakeovi bývalí spoluhráči včetně jeho velícího důstojníka Major Zero (Jim Piddock/Banjō Ginga), Para-Medic (Heather Halley/Houko Kuwashima) a Sigint (James C.Mathis III/Keiji Fujiwara) se vracejí jako podpůrná posádka, protože jsou podezřelí ze zrady po boku Snaka. Hlavním protivníkem je Gene (Steven Blum / Norio Wakamoto), současný velitel jednotky FOX, který se snaží založit svůj vlastní vojenský národ. Je produktem nástupnického projektu, jehož cílem bylo uměle vytvořit dokonalého velitele, vzorovaného po šéfovi. Pomáhá mu poručík Cunningham (Noah Nelson/Daisuke Gōri), odborník na vyšetřovací techniky. (který je později odhalen jako dvojitý agent Pentagonu vyslaný, aby pošpinil pověst CIA) Gene má také chráněnce jménem Elisa (Tara Strong/Saori Goto), která je nadaná mimořádnými psychickými schopnostmi, což je důsledek vystavení jadernému spadu během Kyshtym katastrofa. Elisa trpí disociativní poruchou identity a vyvinula si druhou osobnost zvanou Ursula, jejíž psychické schopnosti jsou silnější než její osobnost "Elisa". Jako " Ursula "pracuje jako členka FOX, zatímco její" Elisa " osobnost je zdravotník, který se stará o Null a informátor pro Snake. Snake se setká s Elisou, která zpočátku řekne Snakeovi, že ona a Ursula jsou dvojčata, jen aby se později dozvěděla pravdu. Mezi dva členy FOX, kteří byli dříve spojeni s hadem, patří Null (Larc Spies/Jun Fukuyama), dospívající Vrah vycvičený jako dokonalý voják. a Python (Dwight Schultz / Yusaku Yara), bývalý válečný kamarád Snake, který byl dříve považován za mrtvého během Vietnamské války. Mezi další postavy patří Duch (Brian Cummings/Naoki Tatsuta), informátor, který přichází do kontaktu s hadem a odhaluje existenci ICBMG, nový prototyp Metal Gear, Ocelot (Josh Keaton/Takumi Yamazaki), bývalý Major Spetsnaz, který pomáhá Geneovi ze zákulisí, EVA (Vanessa Marshall/Misa Watanabe), špión PLA, který pomáhal Snakeovi Snake Eater a Raikov (Charlie Schlatter/Kenyu Horiuchi), Major GRU. Teliko Friedman (Kari Wahlgren/Yūko Nagashima) a Venuše (Kathryn Fiore/Rika Komatsu), hrdinky z Metal Gear Acid a Metal Gear Acid 2, mohou být přidány do týmu hráče buď dokončením určitých vedlejších misí, nebo zahájením druhého hraní s ukládáním dat z příslušných her.

MPO je čtvrtý Metal Gear titul vyrobený speciálně pro PSP a první, který si zachoval akční herní mechaniku série. Jedná se o první kanonický výlet z Metal Gear Solid série pro přenosnou platformu, po příběhu Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Odehrávající se v Kolumbii v roce 1970, šest let po událostech Snake Eater, hra sleduje exploity Naked Snake poté, co jeho bývalá jednotka FOX odešla. Hra také zaznamenává případné založení FOXHOUND a Patriots, stejně jako inspirace vojenského státu Outer Heaven. Metal Gear Solid: Portable Ops získal velmi pozitivní kritický příjem od kritiků a je často považován za jednu z nejlepších her vydaných pro PSP. To bylo chváleno pro jeho vizuály, použití Metal Gear prvky a příběh, zatímco kritika byla zaměřena na schéma ovládání hry.