تدور أحداث قصة المتمرد خلال الأيام الأخيرة من حرب التيبيريوم الأولى التي تم تصويرها في الأصل في القيادة والقهر. تم اختطاف أكبر ثلاثة متخصصين في أبحاث طبريا في الخليج الدولي للحفر من قبل جماعة الإخوان المسلمين. يفترض اللاعب دور قائد الكوماندوز في جي دي آي نيك" هافوك " باركر ، الذي تم تكليفه بإنقاذ هؤلاء الخبراء. يقوم بمهام تأخذه في جميع أنحاء العالم في مختلف البلدان والمناخات ، الداخلية والخارجية على حد سواء ، وتؤثر أفعاله بشكل كبير على الوضع الحالي للحرب. مع تقدم اللعبة ، تم الكشف عن أن المتخصصين أجبروا على إجراء أبحاث الكيمياء الحيوية من أجل "مشروع إعادة التكوين" السري للغاية لجماعة الإخوان المسلمين ، في محاولة لإنشاء جنود خارقين محسنين وراثيا بمساعدة التيبيريوم. عندما يلعب اللاعب من خلال مهمة ، يتم تحديث إيفا داخل اللعبة أو مساعدة الفيديو الإلكترونية بشكل دوري مع أهداف المهمة. سجلات إيفا وتحديثات جميع الأهداف ووضعها الحالي. يتم تصنيف الأهداف إلى ثلاث فئات: الابتدائية والثانوية والثالثية. وإن إنجاز الأهداف الأساسية أمر حاسم لنجاح تلك المهمة. الأهداف الثانوية ليست مطلوبة لإكمال المهمة ، ولكنها قد تساعد في اللعب. البعثات الثالثة ، والتي عادة ما تكون مخفية ، لا تساعد كثيرا في اللعب ، ولكنها ستؤثر على "رتبتك" النهائية في نهاية كل مهمة.