قصة تلتقط الحق حيث إنهاء الحلفاء الكنسي من الإنذار الأحمر 2 توقفت. بينما ركز الحلفاء على استعادة الأراضي ومحاربة القوات الموالية لرئيس الوزراء السوفيتي السابق رومانوف ، قام مستشار الأخير يوري سرا بتكوين جيش خاص به ، مستخدما معرفته الهائلة بالسيونيات والطفرات الجينية. كما يعلن يوري عن وجوده وخططه, شبكة عالمية من الأجهزة تسمى المسيطرين النفسيين تأتي عبر الإنترنت في محاولة لاستعباد العالم بأسره. أمر الرئيس الأمريكي دوغان بضربة جوية لتدمير أحد هذه الأجهزة في جزيرة الكاتراز ، وعلى الرغم من فشل الهجوم ، إلا أن هارير تحطمت ألحقت أضرارا بمصدر طاقة الجهاز. كما يذهب جميع المسيطرين نفسية أخرى على الانترنت, الحلفاء محاولة لتشغيل آلة الزمن لوقف هذه الأحداث من الحدوث. في هذه المرحلة من القصة ، يختار اللاعب الوقوف إلى جانب الحلفاء ، أو الانضمام إلى السوفييت وسرقة آلة الزمن لهزيمة يوري أيضا ، ولكن في نفس الوقت إعادة الاتحاد السوفيتي إلى السلطة. لا يحصل جيش يوري على حملة لاعب واحد ، وهي المرة الأولى والوحيدة في سلسلة لا يحصل فيها فصيل قابل للعب على محتوى لاعب واحد.

تبدأ اللعبة بإحاطة رئاسية في البيت الأبيض بشأن يوري وكيف بدأ سيطرته على العالم من خلال التحكم في العقل. يقاطع يوري الإحاطة لشرح كيف يخطط للسيطرة على العالم ، ويخبر الرئيس الأمريكي مايكل دوغان أن لديه شبكة من المسيطرين النفسيين حول العالم ، وهو ما بدأ الآن في الكشف عنه. يقع أحد المسيطرين النفسيين ليوري في جزيرة الكاتراز في سان فرانسيسكو ، والتي ينشطها يوري قبل إنهاء انتقاله إلى البيت الأبيض. اتصل الرئيس على الفور بغارة جوية على الجهاز ، ولكن تم إسقاط جميع الطائرات المهاجمة ، على الرغم من اصطدام إحداها بالمفاعل النووي في الجزيرة ، مما تسبب في فقدان الجهاز للطاقة وعدم عمله. على الرغم من ذلك ، ينشط يوري المسيطرين النفسيين الآخرين في جميع أنحاء العالم ويستسلم غالبية الكوكب بسرعة للسيطرة على عقل يوري.