لقد مرت ألف سنة منذ أحداث فاينل فانتسي الأصلي: كريستال كرونيكلز. إن تدمير كريستال اليوكي خلال الحرب العظمى ، مع معاناة قبيلة اليوكي من الإبادة الواضحة ، قد جلب أخيرا سيطرة الليلتيين المنتصرين على العالم حيث أدخلوها إلى عصر جديد من العلم والعقل من خلال آلات تسمى "مفاعلات الكريستال" ، مع استخدام السحر المحظور والحكم على كلافاتس وعدد قليل من السلكيين الذين يمتثلون للنظام الجديد. في هذا العصر الجديد من عدم التوازن ، توجد سلالة نادرة من الكائنات القوية تسمى "حاملي الكريستال" ، والتي أدت قدراتهم السحرية على ما يبدو إلى خوفهم واحتقارهم من قبل الجمهور.