بعد أحداث قاتل العقيدة الثاني ، إزيو أوديتور يعود إلى مونتيريجيوني فقط لمواجهة حصار مدمر بقيادة سيزار بورجيا والجيش البابوي. مع مقتل عمه والاستيلاء على قطعة أثرية قوية ، يسافر إزيو إلى روما ، مركز قوة تمبلر في إيطاليا ، لإعادة بناء جماعة الإخوان المسلمين وتفكيك سيطرة عائلة بورجيا الفاسدة على المدينة. وحده في عاصمة معادية ، يجب على إزيو تجنيد المواطنين للقضية ، وإعادة الإخوان إلى قوتها السابقة ، والقضاء بشكل منهجي على حلفاء سيزار وموارده. في العصر الحديث ، يستعيد ديزموند مايلز ذكريات إزيو من خلال العداء ، ويبحث عن موقع قطعة أثرية يمكن أن تتجنب كارثة وشيكة.

قاتل العقيدة الإخوان هي لعبة عمل مغامرة المنصوص عليها في روما ، حيث يأخذ سيد قاتل إزيو أوديتور على النظام تمبلر. يقوم اللاعبون بتجنيد وقيادة جماعة الإخوان المسلمين من القتلة لتفكيك القوى الفاسدة الراسخة في المدينة. تجمع اللعبة بين التخفي والقتال والقيادة حيث يحشد إزيو الحلفاء للقتال إلى جانبه. تقدم اللعبة أيضا وضعا متعدد اللاعبين للمسلسل ، حيث يختار اللاعبون من قائمة الشخصيات الفريدة بأسلحة وتقنيات اغتيال مميزة ، ويتنافسون ضد بعضهم البعض عبر الإنترنت.