В разгар холодной войны величайший агент Америки, известный как Босс, переходит на сторону Советского Союза. В то же время экстремист по имени полковник Волгин запускает переносную ядерную ракету американского производства по советскому конструкторскому бюро ОКБ-754, что вызывает международный инцидент. Чтобы Америка очистила свое имя и избежала Третьей мировой войны, человек по имени Джон и под кодовым названием Голый Змей отправляется подразделением спецназа "ФОКС" убить женщину, которая научила его всему.
Metal Gear Solid 3: Пожиратель змей - это приквел ко всей серии Metal Gear. Большинство определяющих элементов игрового процесса серии были перенесены, и, как и прежде, Снейк должен использовать скрытность и сообразительность, а не грубую силу, чтобы проникнуть во вражеские зоны и устранить своих главных противников. В отличие от предыдущих игр, действие этой части происходит в больших джунглях на открытом воздухе. Змей способен использовать камуфляж, лазать по деревьям, прятаться в высокой траве или носить одежду, которая делает его менее заметным.
