Сюжет основан на вымышленной истории реальных событий и рассказывает о тысячелетней борьбе между ассасинами, которые борются за сохранение мира и свободы воли, и тамплиерами, которые стремятся к миру посредством контроля. Сюжетная линия разворачивается в 21 веке и повествует о том, что игрок является сотрудником Abstergo Industries (компании, используемой современными тамплиерами в качестве прикрытия), которым манипулируют, чтобы он раскрыл секреты, связанные с конфликтом ассасинов с тамплиерами и расой-предшественницей, известной как Первая цивилизация. Основная история разворачивается в Вест-Индии в Золотой век пиратства с 1715 по 1722 год и рассказывает о печально известном валлийском пирате Эдварде Кенуэе, дедушке главного героя Assassin's Creed III Ратонхаке: тона / Коннора и отце антагониста Хэйтема Кенуэя, который отправляется на поиски богатства и мифического места под названием Обсерватория., к чему стремятся как ассасины, так и тамплиеры. Главный сюжетный элемент касается попытки создания независимой пиратской республики в Карибском бассейне.
