Действие игры разворачивается после завершения "Банджо-Туи", в которой Банджо и Казуи уничтожают тело Грунтильды. С момента поражения Грунтильды прошло восемь лет. Пока Банджо и Казуи едят пиццу, играют в видеоигры и слушают радио, они обнаруживают, что оторванная голова Грунтильды возвращается на Спиральную гору. Они собираются сразиться, когда их останавливает Повелитель Игр (Л.О.Г.). Он пытается урегулировать конфликт между ними, придумав серию миров и испытаний. Он использует свои способности, чтобы дать Грунтильде искусственное тело и восстановить физическую форму дуэта, но не их приемы из предыдущих игр. Л.О.Г. переносит персонажей в Шоудаун-Таун, свою штаб-квартиру, и начинает соревнование. Победителю достанется Спиральная гора; проигравшему придется терпеть вечные лишения на фабрике видеоигр в Лос-Анджелесе. Пока Банджо и Казуи пытаются победить, выполняя задания, Грунтильда использует свои силы и умения, чтобы попытаться остановить дуэт. Армия механических грунтботов также помогает ведьме в достижении ее цели. Игра заканчивается тем, что Грунтильда и Банджо пытаются сразиться в финальном поединке, когда Л.О.Г. снова приходит, чтобы остановить их. После того, как Л.О.Г. отправляет Грунтильду трудиться на свою фабрику видеоигр, он вознаграждает Банджо и Казуи, восстанавливая их движения и передавая им документы на Спиральную гору. Грунтильда клянется, что привести ее на фабрику было ошибкой и что она создаст свою собственную видеоигру.
