Советское вторжение в Афганистан придало новый импульс холодной войне, и в 1984 году в стране появляется одноглазый человек с протезом руки. Те, кто его знает, зовут его Снейк; это легендарный наемник, который однажды был стерт со сцены истории и оставлен в коме американской частной разведывательной сетью Cipher. Снейка сопровождает Оцелот, старый друг, который спас его от нападения, когда он наконец очнулся. Теперь бывший напарник Снейка, Казухира Миллер, находится в плену у советских войск в Афганистане. Снейк должен в одиночку спасти Миллера и доказать всему миру, что легендарный наемник не умер и не пропал бесследно. Этот первый шаг приведет к отмщению тому самому Шифру, который убил так много людей Змея, и к битве, которая затронет весь мир... То, что началось в Ground Zeroes... должно закончиться буквой "В".
