Исследуя пещеры под замком Хайрул, чтобы выяснить происхождение мрака (опасного вещества, которое распространилось по всему королевству), Линк и Зельда находят не только древние археологические останки зонаи, древней расы, которая, как говорят, спустилась с небес, но и мумию зловредной твари, которую держит бестелесная рука, который внезапно оживает, побеждает Линка, ломает Мастер-меч и поднимает большие сооружения, когда-то найденные под землей, в небеса над Хайрулом, а Зельда исчезает от искры странного амулета, найденного на этом месте. Некоторое время спустя Линк просыпается в неизвестном месте на плавучем небесном острове и встречает таинственного духа по имени Рауру, который пересадил свою руку (ту самую, которая держала мумию) Линку, поскольку его правую руку было невозможно спасти. Ведомый этим новым союзником, Линк отправляется в приключение, чтобы защитить Хайрула, найти принцессу Зельду и раскрыть тайны Зонаи.
