Евгений "Скиф" Мартыненко, ветеран Корпуса морской пехоты Украины, вернулся после трехлетней службы в условиях неустановленного конфликта. Он просыпается и обнаруживает, что его квартира была разрушена аномалией, которая таинственным образом появилась за пределами Зоны, оставив после себя неизвестный артефакт. В поисках денег на новый дом ученый профессор Герман тайно доставляет его в Зону вместе с технологией под названием "Сканер", которая создает локальные аномалии и, по-видимому, может "подзаряжать" разряженные артефакты. Отправившись в Зону, он обнаруживает, что его первоначальная команда, с которой он должен был установить контакт, была убита, и отправляется в одиночку использовать Сканер в специальных местах, где он работает. После третьей и успешной попытки его расследование прерывается солдатами группировки под названием "Уорд", целью которых является контроль над Зоной и прекращение ее расширения. Самих солдат убивает неизвестная третья сторона, которая крадет вещи Скифа и лишает его сознания. Скиф просыпается и отправляется на поиски сканера и артефакта с помощью дружелюбного одиночки по имени Рихтер. Он выходит на след Солд, который продал ему и ученым координаты места установки сканера, сотрудничая при этом либо с местными сталкерами, либо с Подопечным. Следуя по следу, он приходит к Шраму, главному герою S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо, который возглавляет анархистскую фракцию под названием Спарк, выступающую против Прихода и верящую, что Зону можно превратить в утопическую "Сияющую зону", а также во фракцию Полудня, состоящую из бывшие солдаты Монолита с промытыми мозгами из предыдущих игр, которые стремятся сами строить свою жизнь, не помня ни о своей жизни в зоне, ни о порабощении у Монолита. Они разделены между Страйдером, который стремится сделать Зону более безопасным местом, и Фаустом, который все еще проповедует изначальное мышление Монолита.
