Евгений "Скиф" Мартыненко, ветеран Корпуса морской пехоты Украины, вернулся после трехлетней службы в неустановленном конфликте. Он просыпается и обнаруживает, что его квартира была разрушена аномалией, которая таинственным образом появилась за пределами Зоны, оставив после себя неизвестный артефакт. В поисках денег на новый дом ученый профессор Герман тайно доставляет его в Зону вместе с технологией под названием "Сканер", которая создает локальные аномалии и, по-видимому, может "подзаряжать " истощенные артефакты. Отправившись в Зону, он обнаруживает, что его первоначальная команда, с которой он должен был установить контакт, была убита, и отправляется в одиночку использовать Сканер в специальных координатах, где он работает. С третьей и успешной попытки его прерывает расследование, проведенное солдатами фракции под названием "Уорд", целью которой является контроль над Зоной и прекращение ее расширения. Сами солдаты убиты неизвестной третьей стороной, которая крадет вещи Скифа и лишает его сознания. Скиф просыпается и отправляется на поиски сканера и артефакта, ему помогает дружелюбный одиночка по имени Рихтер. Он выходит на след Солдера, который продал ему и ученым координаты места установки сканера, сотрудничая при этом либо с местными сталкерами, либо с Подопечным. Следуя по следу, он приходит к Шраму, главному герою S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо, который возглавляет анархистскую фракцию под названием Искра, которая выступает против Прихода и верит, что Зону можно превратить в утопическую "Сияющую зону", а также фракцию Полудня, состоящую из бывшие солдаты Монолита с промытыми мозгами из предыдущих игр, которые стремятся строить свою собственную жизнь, не помня о своей жизни до зоны или порабощении Монолитом. Они разделены между Страйдером, который стремится сделать Зону более безопасным местом, и Фаустом, который все еще проповедует изначальное мышление Монолита.
S.T.A.L.K.E.R. 2: Сердце Чернобыля - это неумолимое приключение на выживание в жанре FPS в мрачном научно-фантастическом открытом мире. Собирайте снаряжение и ресурсы, охотьтесь за чудесами, принимайте трудные решения, чтобы выжить и проложить путь через Чернобыльскую аномальную зону.
